Laut Medienberichten strebt die Regierung der Türkei ein Ende der NATO-Militärmission in der Ägäis an (Onlineausgabe Hürriyet Daily News vom 2. Juni 2016). Hintergrund seien Streitigkeiten der türkischen und griechischen Regierung im Rahmen des Einsatzes des stehenden NATO-Verbandes im Mittelmeer (SNMG2) zur Verfolgung profitorientierter Fluchthelfer. Die beiden Regierungen sind demnach uneinig über Patrouillen der sieben NATO-Schiffe in umstrittenen Seegebieten, die außer ihren eigenen Einheiten aus Deutschland, Kanada, Großbritannien, den Niederlanden entsandt wurden. Auch seien Überflüge bzw. Landungen von Helikoptern auf bestimmten Inseln gegenseitig untersagt. Die Bundesregierung hatte die Spannungen zwischen der Türkei und Griechenland hinsichtlich ihrer strittigen Seegrenzen bestätigt (Plenarprotokoll 18/166, Bundestagsdrucksache 18/8248). Demnach seien die Gewässer um die Inseln Samos, Ikaria und Patmos sowie um die Inselgruppe der Dodekanes derzeit für die Mission nicht befahrbar. Das NATO-Hauptquartier will sich darüber jedoch hinwegsetzen. Die SNMG2-Mission könnte nun auf dem kommenden NATO-Gipfel am 8. und 9. Juli 2016 neu verhandelt oder eingestellt werden.
Auch die Militärmission der Europäischen Union EUNAVFOR MED vor der Küste Nordafrikas sorgt für Spannungen in der Region. Zuletzt hatte der Botschafter der neu eingesetzten Einheitsregierung in Rom erklärt, eine Ausweitung auf libysche Hoheitsgewässer könnte die Stabilität des Landes ernsthaft gefährden.